Kepengurusan PCINU Jerman terdiri dari tiga dewan dengan fungsinya masing-masing,

1. Dewan Syuriah (badan musyawarah)

Menentukan arah kebijakan organisasi dalam melakukan usaha dan tindakan untuk mencapai tujuan

Memberikan petunjuk, bimbingan dan pembinaan pemahaman, pengamalan dan pengembangan ajaran Islam berdasar paham Ahlussunah wal Jamaah

Mengendalikan, mengawasi dan memberikan koreksi sesuai ketentuan organisasi

Membatalkan keputusan lembaga

2. Dewan Mustasyar (badan penasihat)

Memberikan nasehat kepada pengurus baik diminta atau tidak

3. Dewan Tanfidziyah (badan pelaksana harian)

Memimpin jalannya organisasi sesuai dengan kebijakan dewan syuriah

Melaksanakan program-program harian PCINU Jerman

Membina dan mengawasi kegiatan yang dilakukan perangkat dibawahnya

Menyampaikan laporan secara periodik tentang pelaksanaan tugasnya.