Kepengurusan PCINU Jerman terdiri dari tiga dewan dengan fungsinya masing-masing,
1. Dewan Syuriah (badan musyawarah)
- Menentukan arah kebijakan organisasi dalam melakukan usaha dan tindakan untuk mencapai tujuan
- Memberikan petunjuk, bimbingan dan pembinaan pemahaman, pengamalan dan pengembangan ajaran Islam berdasar paham Ahlussunah wal Jamaah
- Mengendalikan, mengawasi dan memberikan koreksi sesuai ketentuan organisasi
- Membatalkan keputusan lembaga
-
- Rais Syuriah: K.H. Syaeful fatah
- Wakil Syuriah: Habib Husein Al Kaf
- Katib Syuriah: Zacky Khairul Umam
- Wakil Katib Syuriah: Prof. Hendro Wicaksono
2. Dewan Mustasyar (badan penasihat)
- Memberikan nasehat kepada pengurus baik diminta atau tidak
-
- KH. Thobary Syadzily
- Trigerya Vembra Vidjaja
- Yoktri Handoyo
- Bram Fernandin
- Abdul Muin
- Yudi Ardianto
3. Dewan Tanfidziyah (badan pelaksana harian)
- Memimpin jalannya organisasi sesuai dengan kebijakan dewan syuriah
- Melaksanakan program-program harian PCINU Jerman
- Membina dan mengawasi kegiatan yang dilakukan perangkat dibawahnya
- Menyampaikan laporan secara periodik tentang pelaksanaan tugasnya.
-
- Ketua Tanfidziyah: Muhammad Rodlin Billah
- Wakil Tanfidziyah Bidang Keorganisasian: Rina Agustina
- Wakil Tanfidziyah Bidang Kerjasama: Miftah El Azmi
- Wakil Tanfidziyah Bidang Kelembagaan: Muhammad Ar Rayyaan
-
- Sekretaris Jendral: Royyan Rijal Ramadhan
- Wakil Sekretaris Jendral: Mirza Ilham
- Bendahara Umum: Royyan Mas
- Wakil Bendahara I: Yulia
- Wakil Bendahara II: Aziza