Kepengurusan PCINU Jerman terdiri dari tiga dewan dengan fungsinya masing-masing,
1. Dewan Syuriah (badan musyawarah)
Menentukan arah kebijakan organisasi dalam melakukan usaha dan tindakan untuk mencapai tujuan
Memberikan petunjuk, bimbingan dan pembinaan pemahaman, pengamalan dan pengembangan ajaran Islam berdasar paham Ahlussunah wal Jamaah
Mengendalikan, mengawasi dan memberikan koreksi sesuai ketentuan organisasi
Membatalkan keputusan lembaga
2. Dewan Mustasyar (badan penasihat)
Memberikan nasehat kepada pengurus baik diminta atau tidak
3. Dewan Tanfidziyah (badan pelaksana harian)
Memimpin jalannya organisasi sesuai dengan kebijakan dewan syuriah
Melaksanakan program-program harian PCINU Jerman
Membina dan mengawasi kegiatan yang dilakukan perangkat dibawahnya
Menyampaikan laporan secara periodik tentang pelaksanaan tugasnya.