Kepengurusan PCINU Jerman terdiri dari tiga dewan dengan fungsinya masing-masing,

1. Dewan Syuriah (badan musyawarah)

• Menentukan arah kebijakan organisasi dalam melakukan usaha dan tindakan untuk mencapai tujuan
• Memberikan petunjuk, bimbingan dan pembinaan pemahaman, pengamalan dan pengembangan ajaran Islam berdasar paham Ahlussunah wal Jamaah
• Mengendalikan, mengawasi dan memberikan koreksi sesuai ketentuan organisasi

• Membatalkan keputusan lembaga

  • Rais Syuriah: K.H. Syaeful fatah

  • Wakil Syuriah: Habib Husein Al Kaf

  • Katib Syuriah: Prof. Hendro Wicaksono

  • Wakil Katib Syuriah: Muhammad Rodlin Billah

2. Dewan Mustasyar (badan penasihat)

• Memberikan nasehat kepada pengurus baik diminta atau tidak
  • KH. Thobary Syadzily
  • Trigerya Vembra Vidjaja
  • Yoktri Handoyo
  • Bram Fernandin
  • Abdul Muin
  • Yudi Ardianto

3. Dewan Tanfidziyah (badan pelaksana harian)

• Memimpin jalannya organisasi sesuai dengan kebijakan dewan syuriah
• Melaksanakan program-program harian PCINU Jerman
• Membina dan mengawasi kegiatan yang dilakukan perangkat dibawahnya

• Menyampaikan laporan secara periodik tentang pelaksanaan tugasnya.
  
  

  • Ketua Tanfidziyah: Mochammad Miftah El Azmi

  • Wakil Tanfidziyah: Muhammad Ar Rayyaan Makiatu
    
    

  • Sekretaris Jendral: Rina Agustina

  • Wakil Sekretaris I: Muhammad Nida Fadlan

  • Wakil Sekretaris II: Muhammad Nur Ar Royyan Mas
    
    

  • Bendahara: Samiyah Intan Zaily

  • Wakil Bendahara: Lidya Indira
    
    

  • Lembaga Dakwah dan Bahtsul Masa‘il

    • Muhammad Irwan Khoirudin

    • Fadel Muhammad Koto

    • Ahmad Muhammad Hisan Mudzoffar

    • Putri Jumadi

    • Esty Prastyaningtias

    • Widyasmoro Priatmojo

  •  Lembaga Ta’lif wan Nasyr
    • Muhammad Nida Fadlan
    • Yulianingsih Riswan
    • Muhammad Iqro Sugiharto
    • Syahrul Rauf
  • Lembaga Kajian dan Pengembangan SDM
    • Zaki Fahmi
    • Rio Hilmawan Bagas

• •  Lembaga Seniman, Budayawan dan Olahraga Muslimin Indonesia
    • Ali Fadlur Rahman
    • Nadim Hidayat
  •  Lembaga Zakat, Infaq dan Sedekah
    • Samiyah Intan Zaily
    • Lidya Indira
  •  Lembaga Komunikasi dan Media
    • Nanda Fathurrahman
    • Nauval Lazuardi
    • Saddam Mubaraq
    • Ridho Fitrianto

• • Tim IT dan Data
    • Miftahussurur Hamidi Putra
    • Mohammad Zikky
    • Mulkiah Yasir